Vyřizování stížností a petic se v Drážním úřadu řídí zákonem č. 500/2004 Sb., správní řád, ve znění pozdějších předpisů, zákonem č. 85/1990 Sb., o právu petičním.
Dotčené osoby mají právo obracet se na Drážní úřad (správní orgány) se stížnostmi proti nevhodnému chování zaměstnance Drážního úřadu (úředních osob) nebo proti postupu Drážního úřadu (správního orgánu), není-li poskytnut jiný prostředek ochrany (odvolání apod.). Stížnost se podává u toho správního orgánu, který vede řízení. Tento správní orgán je povinen prošetřit skutečnosti ve stížnosti uvedené. Považuje-li to za vhodné, vyslechne stěžovatele, osoby, proti nimž stížnost směřuje, popřípadě další osoby, které mohou přispět k objasnění věci. Má-li stěžovatel za to, že stížnost, kterou podal u příslušného správního orgánu, nebyla řádně vyřízena, může požádat nadřízený správní orgán, tj. Ministerstvo dopravy, aby přešetřil způsob vyřízení stížnosti.
Podle § 37 zákona č. 500/2004 Sb., správní řád, ve znění pozdějších předpisů musí být z podání patrno, kdo je činí, které věci se týká a co se navrhuje. Fyzická osoba uvede v podání jméno, příjmení, datum narození a místo trvalého pobytu, popřípadě jinou adresu (nebo elektronickou adresu) pro doručování. Právnická osoba uvede v podání svůj název, identifikační číslo a adresu sídla, popřípadě jinou adresu (nebo elektronickou adresu) pro doručování. Podání musí obsahovat označení správního orgánu, jemuž je určeno,a podpis osoby, která je činí (u stížnosti podané elektronicky se nepožaduje její podepsání zaručeným elektronickým podpisem).